Tenes que aclarar para que S.O. lo queres, en este caso voy a inferir que para Windows ya que hablas de MSN. Existen varias maneras, la mas sencilla es agregar un valor en el registro del sistema que apunte a tu programa (por ej. en HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run). Tambien podrias hacer un servicio pero es mucho mas complejo y solo para la rama NT.