si usas alguna libreria extra, fijate que el jar las pueda encontrar...por ejemplo, si creaste las ventanas de tu aplicacion con el editor de netbeans, en el mismo directorio del jar tiene que haber una carpeta llamada lib con el jar de la libreria extra que usa (swing-layouts)...
para ver si todas las clases estan incluidas en el jar, abrilo con winzip/rar...si no es el caso, arrastra manualmente con el winzip las clases que faltan al .jar (respetando la jerarquia de carpetas establecida por los paquetes)
tambien en el jar vas a ver que hay un archivo llamado manifest, que nada mas dice el nombre de la clase que contiene tu main...asegurate que esta ejecutando la clase correcta
aparte de eso, no se me ocurre nada mas, espero que funque.
