podrías intentar reinstalar w98 con un disquette de arranque, al menos con eso arrancaría windows y podrias recuperar los documentos que tenías en la particion de w98.
En cuanto a la partición en que estaba w2000, no estoy seguro que se pueda recuperar algo, se que hay programas que recuperan datos de discos formateados o borrados por accidente, en
www.softonic.com a lo mejor encuentras alguno que sirva, tendrías que probar.