Hola.
No especificas en que lenguaje, ahí te va en c++.net
Si ya tienes la imagen con los cambios hechos almacenada en el pictureBox1->Image
Puedes salvarla al disco de la siguiente forma:
pictureBox1->Image->Save("C:\\Documents and Settings\\ymabreu\\My Documents\\My Pictures\\save1.bmp");
Espero te sirva.
