Hola..!!
Disculpa, si podrias ser mas especifico en cuanto a que tarjetas programables vas a utilizar, y por cual puerto te quieres guiar..?
Si vas a usar compuertas logicas, no te recomiendo Java, ya que el manejo de los puertos seriales por medio de Java es algo complicado, y mas tratandose de algebra booleana(con las TTL's o GALPS, no recuerdo como se llaman), aunke tambien puedes utilizar chips multiastables, como son los FLIP-FLOPS...
Pero lo que te aconsejaria, es usar una tarjeta, no recuerdo cual, pero que manejen solo transistores tipo PNP y otro del tipo NPN, y por medio de OPAMPS, o amplificadores operacionales, controles los movimientos de los servos, y utilizes el puerto de paralelo, o el de COM, ya que son los mas simples de utilizar y faciles de manejar, ya que para despues adaptes a un USB, jeje.. pero me parece perfecto ese proyecto, ojala se me hubiese ocurrido..!!
por favor, nada mas dinos con mas detalle.. gracias, y suerte con el trabajo..!!