Hola Farmada!
Yo uso el WinPic800; si te fijas, hay un boton que dice "Config.", alli accedes a los bits de configuración (estan nombrados como CPB, CP0, CP1 y CP2 para el micro que usas) Con las diferentes casillas puedes proteger partes de la memoria; marcando todas proteges toda la flash. Fijate que rangos puedes proteger en la DS del micro.
Tambien tienes una casilla que es CPD, creo que es para proteger la EEPROM de cualquier curioso. Dentro del micro la puedes leer y escribir normalmente.
Prueba y nos cuentas...
Saludos!