Si no quieres que se repita el RUT en la base de datos tienes dos opciones, una limpia y una sucia.
1- la sucia: Antes de insertar en la base de datos has un query verificando que no exista la ese RUT, sino existe lo insertas sino pues no.
2- la limpia: Si es una regla que no hayan RUTs duplicados , se debe crear un UNIQUE constraint (o llave primaria segun el caso)en la tabla de la base de datos indicando que ese campo es unico, de esta forma si tratas de insertar un registro con un RUT que ya esta en la BD la base de datos no te dejara y te arrojará una excepción.
