¿Quieres compilar tu programa en Linux y que pueda ejecutarse en Windows? Probablemente te sirva este artículo:Bueno esa es una forma, pero en realidad el compilado no lo puedes ejecutar sobre Linux, si lo compilas sobre Windows, al menos de forma nativa.
Compilación cruzada (http://www.losersjuegos.com.ar/referencia/articulos/compilacion_cruzada/compilacion_cruzada.php)
Saludos,
JJ (Geo).