Hola, que tal.
La programación en java es independiente de la plataforma, así que si has utilizado java en Windows lo puedes hacer en GNU/Linux sin ningún problema.
Para compilar y ejecutar, se hace igual que en Windows, con los comands javac y java.
Obviamente cuando instalas java, se instalan todos los paquetes necesarios, a menos que necesites alguno especial.
Hasta luego.
