de hecho no es el apache es tu php, busca el php.ini y checa estos valores:
max_execution_time = 30 ; Maximum execution time of each script, in seconds
max_input_time = 60 ; Maximum amount of time each script may spend parsing request data
nada mas cambiale los valores y listo, lo vas a encontrar en una parte asi:
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; Resource Limits ;
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nos vermox