Mira ANSI C define una funcion que se llama opendir su prototipo es
DIR *opendir ( char *path)
Una vez que abriste un directorio lo lees con readdir. La estructura DIR contiene un campo llamado dname que es un puntero al nombre del archivo. (Si usas Borland C mira los ejemplos que son muy claros).
Bastaria con que de ese string apuntado por dname cambies los 4 primeros caracteres ( con un simple for) solo en los archivos que posean extension pdf.
Mira esas funciones, fijate que el uso es muy sencillo y cualquier cosa, avisa.
Saludos.