Ufff, no se entiende mucho tu pregunta, pero por el titulo supongo que dices que quieres medir la frecuencia de una señal con el modulo PWM??? .. Pues de entrada te digo que ese modulo no sirve para eso. En pricipio para medir frecuencias necesitaras hacer un analisis espectral de la señal, esto es, aplicar un algoritmo matematico, (la FFT o trasformada rapida de Fourier es el mas usado) pero esto es una movida gorda, y mas si no te suena. Si lo que quieres medir es una señal conocida, por ejemplo, sabes que la señal que vas a medir el un seno puro, una cuadrada... puedes medir(muestreandola con el conversor AD) su maximo y su minimo y contar los cruces por la media de estos valores. Si es una cuadrada TTL o con unas tensiones H y L fijas y conocidas, podrias adaptarlas de algun modo a TTL y usar el modulo CCP.
Saludos y suerte.