Yo los pongo como salida y los dejo sin conectar, aunque tambien puedes configurarlos como entrada y ponerlos a tierra o vcc y olvidarte de ellos. Lo unico que no debe ser es estar configurados como entrada y al aire, ya que habra ionterferencia e incluso se puede dañar el microcontrolador; y para evitar tener que rutear las patillas no usadas a tierra o masa, creo que la mejor solucion es configurarlas como salida y dejarlas al aire
Editado->Donde queria poner entrada puse salida tb y me he dado cuenta al releerme