¿Cuál es la diferencia que hay entre Windows y GNU/Linux que impide que, por ej. los drivers se ejecuten en ambos sistemas?
Eso es del pasdo....
Por ahi hay una serie de librerias para usar drivers de Windows en Linux (Si, pongo Linux porque me refiero al kernel)
Las diferencias principales estan en el kernel, esto hace que el problema derive a todos los codigos a menos que estos mismos este diseñados para ser multiplataforma o esten en un rango determinado.
Aun asi, si miras el nucleo de estos programas son diferentes...