El acceso a un pc remoto a través de Java se puede hacer con las herramientas que usarías para hacer la conexión a mano: Por ejemplo, mediante un Telnet. Hay librerías que implementan estas cosas sobre los Sockets básicos de Java, echa un vistazo al paquete apache.commons.net
Tienes que tener en cuenta que la política de seguridad de Java probablemente no te permita ejecutar comandos en una máquina remota, por lo que tendrías que modificar esa política. En java.sun.com hay varios tutoriales que te hablan de la seguridad en Java y de sus políticas y cómo modificarlas.
Espero que te sirva.
Un saludo.
Silverfox
