Las cosas no suceden por generacion espontanea... a menos que hayas cambiado algo...
A mi me sucedio exactamente lo mismo, y se me produjo cuando cambie la version del ejecutable, suponiendo que todo iria sin problemas... pero el cuento no fue asi... ocurrio lo mismo que indicas, cada vez que se ejecuta la aplicacion, aparece el Instalador... e instala una version anterior...
Solucion: Desintalar todo... lo relacionado con tu aplicacion.
Generar un instalador nuevo, e instalar nuevamente tu aplicacion...