Hola... Pienso que el asunto está en el navegador y no en la aplicación. Cuando desarrollé una aplicación, necesitaba lo que te pasa a ti, que abriera una ventana para "guardar como" y no que me abriera el documento directamente en la ventana del navegador, al final lo solucioné generando el archivo y comprimiendolo en zip antes de traspasarselo al usuario.
Ahora, tu puedes decirle al navegador que tipo de documento es el que generará tu aplicación, es decir, un archivo de tipo imagen, o texto, o excel y así, hay varios tipos predefinidos, pero en algunos navegadores no me reconoce esa opción y detecta el tipo de archivo por el contenido.. Por lo que mejor se me ocurrio comprimirlos antes... Espero que te haya aclarado tus dudas....