Como estas trabajando en NET, exite un dll de ajax gratuito, que te permite hacer esto, claro k debes de agregar unas lineas mas para que funciones, pero con esto podras ejecutar funciones o procedimientos del lado del servidor, invocadas con javascript.
Pero al hacer esto hay algunas cosas k no podras manejar, pierdes acceso a los controles web, no podras tener acceso a las session en estas funciones ajax.
Investiga y podremos conversar.