Encontre una forma de solucionarlo, aunk no entiendo muy bien porque se arreglo ahora, uno de mis compañeros lo tiene exactamente como lo tenia yo antes y le funciona perfectamente.
La solución que utilice es, en el internet explorer ir a Herramientas->Opciones de Internet->Opciones Avanzadas, y desmarcar las opciones de:
-Deshabilitar la depuración de secuencias de comandos (Internet Explorer)
-Deshabilitar la depuración de secuencias de comandos (otros)
Sin embargo, mi compañero las tiene marcadas y le para en los breakpoints, aun no entiendo muy bien que es lo que pasa.
Si a alguno le pasa lo mismo que pruebe, pero ya os digo, no os puedo garantizar que se os soluciones, yo tuve suerte...