Una vez me paso lo mismo, me aparecia 2 veces un JTable en el mismo JFrame cuando yo solo habia puesto una.
Era porque al estar copiando y pegando codigo, pegué dos veces el método initComponents() en el constructor del JFrame... jejeje
Ese método es el encargado de inicializar los componentes del JFrame (tamaño, ubicación, texto, etc.)
Fijate si no será eso...