He aqui el problema
Tengo el siguiente codigo en un archivo:
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- $db = @mysql_connect($dbHost, $dbLogin, $dbPass) 
- or die ("<center>WARNING ! SYSTEM UNABLE TO CONNECT TO THE DATABASE SERVER"); 
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- $selectResult = mysql_select_db($mainDbName) 
- or die ("<center>WARNING ! SYSTEM UNABLE TO SELECT THE DATABASE</center>"); 
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En otro, incluyo el anterior, y realizo la siguiente consulta:
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- $sql="UPDATE `$TBL_QUESTIONS` SET q_position='1',type='2' WHERE q_position IS NULL OR q_position<'1' OR type='0'"; 
- mysql_query($sql) or die("UPDATE: ".mysql_error().""); 
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Cuando utilizo un link externo para acceder a la pagina con esta consulta, aparece el lindo error: 
MySQL server has gone away, pero si utilizo un link desde la misma pagina o accedo a ella copiando la URL en el navegador, si realiza la consulta. ¿Alguien tiene alguna idea de que puede estar ocurriendo? 

A proposito, mysql.allow_persistent=on y mysql.connect_timeout=60, por si alguien pregunta por la configuración del apache