Pues 50ºC son unos cuantos grados... ¿Los tocaste mientras están encendidos y verdaderamente están tan calientes? Puede que el programa de lecturas erroneas, ten en cuenta que los discos deben soportar la tecnología S.M.A.R.T. para poder leer la temperatura de los mismos.
Si es así, pues tendrás que refrigerar mejor si quieres bajarles la temperatura.
Una opción es mejorar la refrigeración de la caja.... Pon más ventiladores externos. Si hace falta y te sientes con ganas coge un taladro, una broca de corona y le haces un par de agujeros a la caja, uno en un lateral y otro en la parte superior o donde te apetezca, le pones unos ventiladores y listo... aunque tendrás que disponer de una fuente de alimentación potente para tanto ventilador.
Otra opción es ventilar los discos duros directamente, existen en el mercado unos sistemas para refrigerar discos, el problema es que normalmente necesitan una bahía 5 1/4. Dependiendo de la torre dispondrás de unas 4 (lo normal) supongo que tendrás uno o dos dispositivos de CD/DVD en las bahías y por tanto te quedarán otras dos libres, si es así perfecto, justo lo que necesitas.
Suelen contener bien un ventilador grande (unos 8cm) para ventilar con aire del interior de la torre o bien varios ventiladores pequeños que dan al exterior (2 o 3 ventiladores de 4cm).
En fin, como ves hay muchas opciones, yo te diré que mis discos duros están distribuidos igual que los tuyos (con una separación de un par de cm), y están a una temperatura de unos 34ºC... Claro que yo tengo 5 ventiladores externos en la caja y un ventilador frontal que les da directamente aire desde el exterior...
Ya nos contarás como lo solucionas...
Un saludo