Crear una politica de programas que abren al inicio a traves de las unidades organizacionales de active directory.
Incluir el nombre de los programas a abir en el logon script del dominio.
Crear un plugin para el explorador de windosw (una hotbar por ejemplo) y que parte de ese plugin ejecute un comando determinado en su carga.
Crear un fondo de escritorio con contenido activo (web) , el cual incluya una sentencia de comandos que abra el programa que necesites.
en fin seguramente que hay aún más que esos.