prueba a usar la instruccion figur, esta funcion crea una nueva ventana asi
figure;
pero tambien la puedes usar para decir que ventana de grafico esta activa
figure(1);
figure(2); etc
yluego usar el comando plot o lo que necesites, si ademas necesitas graficar en la misma ventana dos graficas diferentes puedes usar el comando hold on; y cuando ya no quieres traslapar las graficas usas hold off;
por ejemplo
x=0:0.1:9;
y=sin(x);
figure(1);
plot(x,y);
figure(2);
y2=cos(x);
plot(x,y);
hold on;
plot(x,y2);
