Si los archivos que van adentro de esas carpetas los colocas luego usando el programa, es decir, si no tienen que ir al instalarse, a las carpetas las puedes crear con el programa la primera vez que se ejecuta.
Usas la función Dir al arrancar el programa para ver si existen y si no las creas con MkDir.
Si tienes que mandar todo en la instalación y ahí adentro van varios archivos tal vez el asistente de instalación de VB no sea el más adecuado.
Hay muchos otros pero no los he utilizado, puedes buscar instaladores en download.com o sitios de VB en general.
InstallShield, Setup Factory, para mencionar algunos que he visto.
Saludos,
Javier
