Hola.
¿Ya viste con que extensión están guardados los archivos con el símbolo de sistema (modo MS-DOS mejor dicho)?
Es probable que algo (algún programa o el cuadro de diálogo abrir con..., lo más seguro) cambio el registro de windows. Pero también me ha sucedido que cuando la computadora tiene problemas (memoria ó disco duro saturado) el explorador de windows muestra íconos que no son, o sea, por ejemplo, que a los archivos *.pdf les pone el ícono de archivo de imágen, y así. Inclusive me cambiaba el ícono de Mi PC, no sé exactamente por que.

(je je, me encanta este dibujo)