puedes mandar un mail con un link conteniendo una clave aleatoria que tienes guardada en la base de datos, en el registro del usuario recién registrado, a la tabla de usuarios puedes agregarle un campo varchar con n caracteres, cuando se registra, se guardan todos los datos del usuario en la base de datos, incluyendo la clave aleatoria, una vez que el usuario de click a
www.tusitio.com/index.php?validate=LaClAvEaLeAtOrIa, ves si $_GET['validate'] es igual a lo que esta en la base de datos... y ya lo activas, espero haberme explicado
