Java3D es una implementación de 3d para Java, no usa internamente OpenGl, sino que puedes elegir entre éste y DirectX. Yo tengo instalado en este momento el Java3D que tira con Dx
El Java3D te permite darle a esto de construir universos con Java, el problema que tiene con respecto al OGl y al DX es el que tiene siempre Java: Es interpretado y, por lo tanto, más lento que una implementación en C++ / Ogl.
El Java3D no está nada mal y ha sido optimizado para obtener el mayor rendimiento posible, aunque quizá puede resultar ligeramente más complicado acostumbrarse a usarlo que a usar DX u Ogl, pero es una buena alternativa, además de tener una buena interacción con el usuario.
Elijas lo que elijas, creo que da lo mismo. Las tres opciones son muy válidas, yo haría Java3D para Java y OGl para C++, aunque, últimamente, se impone bastante el DX.
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