Para escribir un fichero en Java necesitas una instancia de la clase FileWriter, o de la clase FileOutputStream.
La diferencia entre las dos es que los Reader / Writer sirven para entrada de caracteres y los InputStream / OutputStream están hechos más bien para bytes (lo cual no quiere decir que no se puedan usar de otras formas, pero vamos, que usarlos para lo suyo es bastante más cómodo...
)
Lo único que necesitas es lo siguiente:
FileWriter salida= new FileWriter("ruta_y_nombre_del_fichero");
Cuando termines, no olvides hacer:
Mira el API de java en java.sun.com para más información acerca de las clases FileWriter, FileReader, FileOutputStream y FileInputStream
Suerte.
Silverfox