Hola zetaperu, para colorear toda una columna, debes jugar con las propiedades siguientes:
MSFlexGrid1.SelectionMode=flexSelectionByColumn
MSFlexGrid1.BackColorSel = vbRed
Y si lo que quieres colorear es una celda, usa la propiedad:
MSFlexGrid1.CellBackColor = vbred
claro posicionándote antes en la celda a colorear.
Saludos.