//Digamos que este es el valor del archivo de texto
$LineaArchivo = "FLORES NU¥EZ DE LA T'ORRE";
//y este es de mi tabla
$LineaTabla = "FLORES NUÑES DE LA TORRE";
//entonces como veran al comparar nunca por nunca serian iguales
//para esto utilice la funcion str_replace();, ahora bien no se porque solo encuentra la comilla simple y lo reemplaza por un espacio en blanco pero el caracter especial ¥ que reemplaza a la letra Ñ no lo encuentra, lo deja como esta.
$LineaArchivo = str_replace("¥","Ñ",$LineaArchivo);
$LineaArchivo = str_replace("'"," ",$LineaArchivo);