hm.. después del alert deberías asignarle el índice al que corresponde la opción "Seleccione una ciudad", que supongo será cero.
En ese caso, deberías agregar:
form1.select1.options[0].selected = true;
Reemplazá form1 por el nombre de tu formulario y lo mismo con select1 por el nombre que tenga asignado el select.
Saludos.