El handles como ya debes saber es un manejador, y su función es essa, la forma de explicarlo no es simple, pero lo que te puedo decir que cuando utilizas el handles de algun objeto tienes el control de ese objeto, en matlab y en todos los lenguajes el handles es un número, por ejemplo el handles de la ventana principlal de matlab es '0', que es un número, y toda ventana ventana abierta desde la consola de comandos de matlab tiene un identificador handles, de ventanas hijas, asi como tambien todo objeto creado, como una linea, gráficos, etc..., pero algo que debe quedar claro es que las variables no son objetos, coma ya debes saber la forma de mirar las propiedades de un objeto es mediante el comando get(<handles del objeto>), y la forma de modificar los valores de estas propiedades es mediante el comando set(<handles del objeto>,'<nombre de la propiedad>',<nuevo valor de la propiedad>)