Hola de nuevo,
me imagino que te sabes el nombre de la tabla, verdad?
COmo te he dicho antes recorres todas sus filas, celdas, y controles de cada celda asi:
Dim r As TableRow
For Each r In Table1.Rows
Dim c As TableCell
For Each c In r.Cells
Dim Ctl As System.Web.UI.Control
For Each Ctl In c.Controls
If TypeOf Ctl Is CheckBox Then
..........
Next Ctl
Next c
Next r
Espero que asi lo entiendas.
Aunque para optimizar el codigo, puedes hacer una cosa. Me imagino que en cada fila solo habrá un CheckBox en la celda que sea. puedes acceder a una celda concreta de una fila mediante un indizador:
Dim c As TableCell = r.Cells(N)
Donde N será un numero entre 0 y N-1 celdas que tiene la fila.
Y puesdes usar la misma tecnica del indizador para la Colección COntrols de la celda para obtener la referencia del CheckBox.
Saludos