Hola Quote...
Te explico un poco mejor a ver si me entiendes, nunca he trabajado con netbeans porque soy nueva en java pero supongo que es indiferente...
Primero cuando cree el proyecto agregué mis .jar en una carpeta a la cual llame lib (por decir algo).
Luego moví a otra carpeta lo siguiente: la carpeta con los .jar, los .class y creé un archivo .dat el cual tiene la utilidad de modificar el archivo de manifiesto, donde adicionalmente debes colocar el Class-Path que en este caso sería los .jar que incluiste en la carpeta lib, te pongo unas líneas de ejemplo:
Class-Main: nombre de la clase que contiene el método main (como te dije anteriormente)
Class-Path: lib/nombre del .jar lib/nombre del .jar (colocas cuantos .jar use tu proyecto)
Para crear el .jar modificando el archivo de manifiesto sustituyes el cvf por el cmf.
Espero que te ayude en algo...
Saludos,
Kelly Lorenzo