Hola, bueno hay varias maneras de trabajar con javascript las mas conocidas son:
Tener un archivo javascript y ahi tener todas las funciones y agregar la etiqueta en la pagina que se usara
Otra es colocar el javascript directamente en el HTML dentro de las etiquetas <script></script>
Y la otra es colocar el Javascirpt dinamica desde el code behind de .NET
en esta ultima como los controles se los maneja con el code behind entonces podemos manipular sus atributos para que tenga la funcionalidad del javascript
EJ:
'Para que un boton muestre una alerta
'Esto puede estar dentro del evento Page_Load
me.btnAlgunBoton.Attributes.Add("ObClick", "alert('Este es un ejemplo');")
De esa manera agregas atributos a tu control y haces que responda a ciertos eventos y estos sean manejados por procedimientos javascript
Salu2