Pues yo le hago de la siguiente manera.
1.-Seleccionas el proyecto de instalacion.
2.-click boton derecho del mouse, seleccionas Ver/Sistema de Archivos
3.-Sale una ventana con tres carpetas.
Carpeta de la Aplicacion.
Escritorio del Usuario
MenuProgramas del Usuario.
4.-En carpeta de Aplicacion busca el resultado principal del proyecto (EL que genera el EXE, en caso de tener varios proyectos en la solucion) le das boton derecho crear acceso directo, lo renombras a tu gusto y lo pones en la carpeta del arbol izquierdo---> MenuProgramas del Usuario y con eso lo pones en el men programas. Si quieres crear una carpeta Inicio/programas/miprograma la forma de crearla es igual que cuando creas una carpeta en el escritorio
boton derecho Agregar/Carperta.
Bueno espero y te ayude en algo, cualquier duda no dudes en postearla.
