Hay varios tipos de EXE, para MS-DOS y para Windows, de 16, 32 o 64 bits. Existen tres formatos de EXE que son "MZ" (MS-DOS), NE (Windows 3.1 - 16 bits) y PE (Windows de 32/64 bits).
La principal diferencia entre los EXE (todos sus tipos) y los COM es que estos ultimos no tienen ninguna cabecera, son simplemente codigo.