desde DOS(p.e desde un diskette booteable) fdisk /mbr con esto restauras el sector de arrance original. Claro que tambien puedes haber creado un diskette para arrancar tu particion linux(muchas distros te dan esta opcion cuando la estas instalando), por lo tanto no toca el registro de arrancaque original y asi no tendras problemas cuando desinstales linux y/o un bootloader como LILO o GRUB.
espero que se entienda
saludos!