mira si borraste la partición primaria no te va a arrancar porque el no usa solamente el boot.ini para iniciar, utiliza otros más pero tambien depende de cual windows. Si es 2000, XP o cualquier version con base NT sus archivos de inicio son diferentes a los de 95, 98 y ME, y todos tienen por lo menos 3 archivos.
Tienes 2 opciones: crea la particion primaria y reinstalar sobre el que tengas para que se restaure el inicio sin perder lo que tengas instalado, o bora el otro windows tambien y dejar una sola particion (si los tenias separados y quieres unir el espacio) peo tienes que instala todo de nuevo, todo depende de lo que tu quieras hacer.