Hola, eres la primera respuesta q doy en el foro, xo creo q puedo ayudarte.
Tras leer tu pregunta, me parece haber entendido q tu problema es q cuando instalas tu aplicacion, no te instala la base de datos en la ruta q tu has especificado en la cadena de conexion, me equivoco? si me equivoco puedes dejar de leer,:P.
Cuando creas el paquete hay llegas a un formulario q pone
"Asistente de empaquetado y distribucion - Archivos incluidos" hay es donde se encuentran todos las ocx, dlls,etc q se van a incluir en el paquete de instalacion, tb aparece la ruta donde se van a instalar, lo unico q debes hacer es:
dar agregar seleccionar tu base de datos y especificar la ruta donde la instalaras. asin de facil.
Un Saludo, Alberto