mira...
de todos modos no es con nada usando JavaScript... debiera estar bajo Java para que mas personas te ayuden...
pero respondiendo a tu pregunta...
lo primero que tienes que hacer es colocar ese tag de input de tipo file!
pero es solo el principio de muuuuuchas cosas que tienes que hacer...
despues tienes que tener un formulario con la propiedad enctype="multipart/form-data"
osea
<form enctype="multipart/form-data">
de esa forma lo que transmitas va a ser tomado de otra forma.
ahora tienes que tener una clase (porque usas JSP) que reciva los datos pero este es de tipo FormFile.
despues que lo tienes lo trabajas con la clase FileOutputStream y haces lo que quiereas hacer... pero eso es hablar mas de Java.
documentate de todo lo que te mencioné
