.NET tiene una filosofia similar a Java
Donde si o si se necesita el Framework para correr cualquier programa, ya que esto administra y gestiona la ejecucion del codigo, echale una leida a los conceptos basicos de como trabaja el Framework, esto se lo hace para que los programas corran en cualquier maquina que tenga instalado el framework incluso en Linux que para el mismo existe el proyecto Mono.
Ahora hacer una aplicacion como antes primero que el lio era las dependencias con las dll y el registro de las mismas que causaban un verdadero dolor de cabeza, pero ahora con .NET esto se supero.
Realizar una aplicacion y que corra sin el Framework no se si se tiene esta libertad en Visual C++ ya que no esta integramente ligado al framework sino que solo tiene extensiones para que este lo gestione, y quizas fuera posible realizar aplicaciones MFC, seria investigar sobre esto.
No probe instalar el Framework redistribuible en Win 98, yo creo que con SP debe correr sin problemas solo se que para el desarrollo se debe instalar el SDK en Windows 2000 para arriba
Salu2
