Pues... la verdad las únicas cosas que se me ocurren es que o bien, es un problema de la caché de tu proveedor de internet (algunos chachean las páginas para dar una navegación más rápida), o bien.. el cliente ftp no está reemplazando el archivo.
Fijate que algunos clientes ftp (como el filezilla) tienen una opción de 'anexar' los archivos, no se bien como funciona, pero sí se que no produce un buen efecto cuando quieres reemplazar...
Altareum.