Si formateas el disco tendras que crear 3 particiones nuevas.
partcion1 -> swap
particon 2 -> Ubuntu o Wondows (EXT2, EXT3 ..).
particon 3 -> Ubuntu o Wondows (EXT2, EXT3 ..).
En la particion 2 o 3 tedras que reinstalar Windows.
No me acuerdo en Ubuntu como creas la particiones, solo se que en una parte te crea la swap y depues te pregunta por las otras.
En otros linux se hace con cfdisk, si no estoy mal la creasion de particiones en Ubuntu es "grafica", solo es cuestion de leer.