Que tal amigo, con respecto a las particiones, lo veo dificil, aunque existe un programa q se llama Partition Magic, que hace lo qque buscas (Particionar sin formatear), pero mucho cuidado, te recomiendo que lo hagas poco a poco y pendiente y sobre todo hacer un respaldo antes.
Cuando instales el ubuntu (claro, si es ese el que vas a instalar) procura que el gestor de arranque se instale en el Master Boot Record de hda (Particion de Windows, ya que si la instalas en la de Ubuntu, lo mas probable es que Windows no arranque.
Y sobre el programa de tu universidad te recomiendo que preguntes si puede correr bajo el linux que montes.
Saludos...