Si se pueden abrir mas de una planilla excel en tiempo de ejecucion, el problema se notara si el equipo donde lo ejecutas es rapido y tiene capacidad de memoria para soportar tantos registros.
Una posible solucion, es que a medida que guardas los datos, cuando llegues a los 65.625 registros, te cambies a la hoja siguiente del excel, y sigues guardando los datos.
