utiliza la función: system()
por ejemplo, si quieres hacer un dir, pon:
system("dir");
Si quieres ejecutar el programa xxx.exe, pon:
system("xxx");
Si necesitas poner una ruta, ten en cuenta que en c las barras "" tienen ya de por si un significado en los Strings
Creo que se ponía, por ejemplo:
system("dir c:windowscomand");
pero esto lo tendras que probar.
Busca también en que librería esta, porque depende de la versión de c que utilices. Seguramente estara en stdio.h, stdlib.h o conio.h
Espero que te sirva. Un saludo