No he ocupado netbeans, solo el forte para crear las clases, quizas sea un problema de direccionamiento.. no se si netbeans incluira el tomcat o algun otro servidor para jsp&servlets
En el caso de que sea tomcats, recuerda que las clases van en la carpeta WEB-INF/classes, y desde el jsp o url lo llamas mas o menos similar osea, suponiendo que tienes un servlet con package liss y el servlet fuera sv1, entonces habria que referenciarlo así
http://direccservidor/sitio/servlet/liss.sv1 de esa forma, hay otros servidores donde los servlet se llaman antes como el orion por ejemplo...
Ve eso.. si no es ese el problema quizas debas registrar tus servlets, eso se hace en el web.xml, puedes leer la documentación para mayores detalles..