A mi no me da ningun problema, ni error ni nada parecido
Pero en fin... primero es muy indispensable que requieras el uso del control Panel, porque generalmente yo lo uso para crear controles en tiempo de ejecucion como un contenedor, si no fuera asi omite usar este control. y usa un tabla, etc..
Ahora si fuera realmente necesario si puedes mover tus cajas dentro del panel, bueno no se como estara tu diseño y quizas si tienes un diseño muy complicado sea dificil poder arrastrar los controles dentro del panel, pero siendo este el caso entonces colocate en tu pagina y mira el diseño HTML ahi estan todos tus conttroles y lo unico que tienes que hacer es mover las etiquetas (cortar y pegar), asi mueves a tu gusto tus cajas dentro de las etiquetas del control panel.
Salu2